Sejak awal pelaksanaannya, Wahid Foundation bekerja sama dengan pemerintah dan Badan Nasional Penanggulangan Terorisme (BNPT) untuk memperkuat nilai-nilai toleransi di kalangan pelajar. “Kami melihat bahwa organisasi siswa ini juga penting untuk kita suntikkan bagaimana program dan penguatan yang selaras dengan nilai-nilai toleransi,” tambah Mujtaba. Program ini kini memasuki tahun keenam dan masih dipertimbangkan untuk kelanjutannya.Program sekolah damai ini juga disambut baik oleh Kepala BNPT, Komjen Pol Eddy Hartono. Ia menegaskan pentingnya pengawasan terhadap penyebaran paham radikalisme yang kini tidak hanya dilakukan secara tatap muka, namun juga melalui platform digital. “Penyebaran paham radikal terorisme di era sekarang ini ada dua jalur sebenarnya. Yang pertama bisa melalui online dan offline,” kata Eddy saat berkeliling SMAN 13 Semarang.BNPT kini semakin memperkuat pengawasan di media sosial, mengingat kemudahan akses internet bagi anak dan remaja. Hal ini bertujuan untuk mencegah masuknya ideologi ekstrem melalui berbagai saluran digital yang mudah diakses oleh generasi muda.