Namun, kebijakan impor gula yang ditandatangani Tom Lembong kini tengah dipermasalahkan. Kejaksaan Agung telah menetapkan Tom Lembong sebagai tersangka dalam kasus dugaan korupsi terkait impor gula pada 2015-2016. Berdasarkan informasi yang diterima Kejagung, pada 2015 telah diadakan rapat koordinasi antar-kementerian yang menyimpulkan bahwa Indonesia mengalami surplus gula dan seharusnya tidak perlu impor. Meski demikian, pada tahun yang sama, Tom Lembong diduga mengizinkan impor gula kristal mentah sebanyak 105 ribu ton yang kemudian diolah menjadi gula kristal putih oleh perusahaan PT AP.
Pada Januari 2016, Tom Lembong juga diketahui menandatangani Surat Penugasan kepada PT PPI untuk memenuhi stok gula nasional dan stabilisasi harga gula, yang melibatkan kerjasama dengan delapan perusahaan gula dalam negeri untuk memasok 300.000 ton gula kristal putih. Kejagung menyatakan bahwa kebijakan ini merugikan negara hingga Rp 400 miliar.
