SYL terjerat kasus pungutan liar (pungli) yang terjadi di Kementerian Pertanian, di mana dia diduga melakukan praktik tersebut bersama dua anak buahnya, Kasdi Subagyono dan Muhammad Hatta. Kasdi yang menjabat sebagai Sekretaris Jenderal Kementerian Pertanian dan Hatta sebagai Direktur Alat dan Mesin Pertanian diduga ikut berperan dalam pengumpulan uang ‘patungan’ dari pejabat eselon I di kementerian tersebut.
Dalam dakwaan, dijelaskan bahwa uang yang dipungut berkisar antara USD 4.000 hingga USD 10.000. SYL juga disebut meminta bagian sebesar 20% dari anggaran yang dialokasikan kepada masing-masing Sekretariat, Direktorat, dan Badan di kementerian. Kejadian ini berlangsung dengan adanya ancaman terhadap pejabat yang tidak memenuhi permintaan tersebut, yang mengakibatkan total uang yang diraup SYL dari praktik pungli mencapai Rp 44,7 miliar.
Awalnya, pada sidang tingkat pertama, SYL divonis 10 tahun penjara dan diharuskan membayar uang pengganti senilai Rp 14,1 miliar serta USD 30 ribu. Namun, KPK merasa besaran uang pengganti tersebut masih kurang tepat dan mengajukan banding. Majelis Hakim di tingkat banding akhirnya mengabulkan permohonan KPK, sehingga menjatuhkan vonis yang lebih berat.
