Berangkat dari asal usulnya yang fokus pada pendidikan agama Islam, Pondok Pesantren Attaqwa telah mengalami perkembangan menjadi sebuah lembaga pendidikan yang dianggap setara dengan institusi pendidikan non-pesantren. Upaya-upaya menuju perubahan dan modernisasi menjadi hasil dari keberadaan Pondok Pesantren Attaqwa di lingkungan yang terus berkembang menjadi lebih modern. Meskipun demikian, Pondok Pesantren Attaqwa masih menunjukkan adanya batasan-batasan yang nyata. Proses pembaharuan dan modernisasi yang terjadi disusun dengan hati-hati agar tidak mengubah atau mengurangi orientasi dan idealisme pesantren. Oleh karena itu, Pondok Pesantren Attaqwa cenderung tetap mempertahankan tradisinya sebagai lembaga pendidikan agama, sambil menyelaraskan pendidikan umum untuk memenuhi standar nasional.
Meskipun Pondok Pesantren Attaqwa mengalami pembaharuan, lembaga ini tetap memegang teguh nilai-nilai moral seperti kemandirian, kesederhanaan, dan kebersamaan, yang merupakan ciri khas dari pondok pesantren. Hal ini tercermin dalam kurikulum dan metode pendidikan yang diterapkan di Pondok Pesantren Attaqwa.
Pondok Pesantren Attaqwa tetap mempertahankan pembelajaran agama Islam. Meskipun saat ini banyak materi pelajaran umum yang telah diadopsi, hal ini dilakukan dengan tujuan untuk menarik minat, mengembangkan bakat para santri, dan mengangkat prestasi Pondok Pesantren Attaqwa. Kurikulum dan metode pendidikan menciptakan jejak sejarah panjang dalam upaya pembaharuan pendidikan di Pondok Pesantren Attaqwa.
Seperti halnya pengajian yang diperkenalkan oleh KH Noer Ali terus berlangsung dan mengalami perkembangan hingga saat ini. Salah satu bentuk pengajian yang masih aktif adalah pengajian Tafsir, di mana beberapa kitab Islam, seperti Tafsir al-Jalalain dan Tafsir al-Misbah, menjadi bahan kajian. Selanjutnya, setiap Sabtu malam Minggu, diadakan pengajian yang dihadiri oleh masyarakat dewan masjid Attaqwa atau warga yang datang dari kejauhan. Acara ini melibatkan ceramah agama, dzikir, tahlil, dan tahmid yang dipimpin oleh pimpinan Pondok Pesantren Attaqwa, yaitu KH Nurul Anwar Lc. Tetapi, setelah KH Nurul Anwar Lc meninggal dunia, pengajian itu di pimpin oleh guru-guru Pondok Pesantren Attaqwa serta tokoh agama lainnya.
Selain itu, setiap minggu pagi diadakan pengajian khusus bagi wali murid PPA. Acara ini, yang biasanya dilakukan sebulan sekali di masjid Attaqwa, bertujuan untuk mempererat hubungan sosial antara wali murid dan guru-guru Pondok Pesantren Attaqwa melalui silaturahim.
Pada era 1960-an, KH Noer Ali juga mendirikan Badan Zakat dan Wakaf untuk mengelola ekonomi masyarakat Ujung Harapan. Badan ini berada di bawah pengawasan Yayasan Pondok Pesantren Attaqwa dan bertujuan mengelola sumbangan wakaf berupa tanah, bangunan, dan lainnya untuk pembangunan fasilitas ibadah masyarakat Ujung Harapan. Badan zakat bertanggung jawab atas pengelolaan zakat fitrah dan qurban pada perayaan Idul Adha dan Idul Fitri, dengan distribusi keseluruhannya ditujukan kepada masyarakat yang kurang mampu. Tujuan dari semua ini adalah agar warga Ujung Harapan yang kurang mampu dapat merasakan manfaat yang sama seperti masyarakat yang lebih berkecukupan.
